پس از وی سید حسین، فرزند سید محمد در خامنه مشغول هدایت و ارشاد مردم شد. سید حسین خامنه ای از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش اهل تفرش که به آذربایجان هجرت کرده‌بود.سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجسته حوزه علمیه نجف به‌شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسه علمیه طالبیه تبریز بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است. ویژگی‌های اخلاقی و فردی

گفته شده او فردی پرهیزگار و بی‌توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت.پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانهٔ خود ادامه داد. به دلیل بهره‌مندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. اینگونه نقل می‌شود که سید جواد در مشهد به مدت پنجاه سال امام جماعت و روحانی موجه و همچنین دارای علاقه‌مندان فراوانی بود.
وفات

او در ۱۵ تیر ۱۳۶۵ درگذشت. شیخ ابوالحسن شیرازی امام جمعهٔ مشهد، بر او نماز گزارد و در رواق پشت ضریح علی بن موسی الرضا جنب دارالفیض به خاک سپرده شد.در پی درگذشت سید جواد خامنه ای، امام خمینی (ره)در پیامی ضمن تسلیت به پسر وی (سید علی خامنه ای)، بیان کرد:

جناب حجت‌الاسلام آقای حاج سید علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور محترم دامت افاضاته، رحلت والد معظم جنابعالی که عمری با علم و تعهد و تقوا به سر بردند، موجب تأسف گردید. این مصیبت را به جنابعالی و اخوان محترم و خاندان جلیل تسلی گفته، سلامت و موفقیت آن جناب را از خدای تعالی مسئلت دارم.

صفحات: 1· 2