پيروزي انقلاب شكوهمند اسلامي در بهمن 1357 و به‌دنبال آن استقرار نظام جمهوري اسلامي به‌جاي نظام ستم‌شاهي پهلوي، تغيير و تحول بنياديني را در عرصه‌هاي گوناگون اجتماعي به وجود آورد، چراكه تحول در نظام از طريق تحول در بنيادها و ساختارها تحقق مي‌يابد. در اين راستا مقوله «فرهنگ» از جايگاه ويژه و پايگاه ممتازي برخوردار بوده، به‌طوري كه تصور تغيير در نظام بدون تغيير در فرهنگ حاكم بر آن، تصوري ناموجه است. 
صدور پيام نوروزي امام خميني «ره» را در اول فروردين 1359، بايد نقطه عطفي در تاريخ انقلاب فرهنگي دانست. ايشان در بند «11» اين پيام بر ضرورت ايجاد «انقلاب اساسي در دانشگاه‌هاي سراسر كشور»، « تصفيه‌ى اساتيد مرتبط با شرق و غرب» و « تبديل دانشگاه به محيطي سالم براي تدوين علوم عالي اسلامي» تأكيد كردند.

پس از تعطيل رسمي دانشگا هها در خردادماه، امام خميني «ره» در 23/3/59 فرماني را مبني بر تشكيل ستاد انقلاب فرهنگي صادر نمودند كه در قسمتي از فرمان ايشان آمده است:
«مدتي است ضرورت انقلاب فرهنگي كه امري اسلامي است و خواست ملت مسلمان مي‌باشد، اعلام شده است و تاكنون اقدام مؤثري انجام نشده است و ملت اسلامي و خصوصاً دانشجويان با ايمان متعهد نگران آن هستند و نيز نگران اخلال توطئه‌گران كه هم‌اكنون گاه‌گاه آثارش نمايان مي‌شود و ملت مسلمان و پايبند به اسلام خوف آن دارند كه خداي نخواسته فرصت از دست برود و كار مثبتي انجام نگيرد و فرهنگ همان باشد كه در طول مدت سلطه رژيم فاسد كارفرمايان بي‌فرهنگ، اين مركز مهم اساسي را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند. ادامه اين فاجعه كه مع‌الاسف خواست بعضي گروه‌هاي وابسته به اجانب است، ضربه‌اي مهلك به انقلاب اسلامي و جمهوري اسلامي وارد خواهد كرد و تسامح در اين امر حياتي، خيانتي عظيم بر اسلام و كشور اسلامي است.»
در اين فرمان، حضرت امام به عده‌اي از اساتيد حوزه‌ها و دانشگاه‌ها مأموريت دادند تا ستادي تشكيل دهند و از افراد صاحب‌نظر و متعهد، از ميان اساتيد مسلمان و كاركنان متعهد و با ايمان و ديگر قشرهاي تحصيلكرده، متعهد و مؤمن به جمهوري اسلامي براي تشكيل شورايي دعوت كنند و براي برنامه‌ريزي رشته‌هاي مختلف و خط‌مشي فرهنگي آينده دانشگاه‌ها، براساس فرهنگ اسلامي انتخاب و آماده سازي اساتيد شايسته، متعهد و آگاه و ديگر امور مربوط به انقلاب آموزشي - اسلامي اقدام نمايند.
ستاد انقلاب فرهنگي طبق فرمان امام (ره) ملزم بود كه در برخورد با مسائل دانشگاهي فعاليت‌هاي خود را بر چند محور متمركز كند:
- تربيت استاد و گزينش افراد شايسته براي تدريس در دانشگاه‌ها،
- گزينش دانشجو،
- اسلامي كردن جو دانشگاه‌ها و تغيير برنامه‌هاي آموزشي دانشگاه‌ها، به صورتي كه محصول كار آنها در خدمت مردم قرار گيرد.
در شهريور ماه سال 62 با توجه به نظر امام خميني (ره) مبني بر لزوم ترميم و تقويت ستاد و به‌خصوص حضور مسئولين اجرايي در آن و به دنبال پيشنهاد و تكميل ستاد انقلاب فرهنگي از طرف رئيس جمهور وقت (حضرت آيت الله خامنه‌اي)، امام امت برخي از مسئولين اجرايي مانند نخست وزير، وزراي فرهنگ و آموزش عالي و فرهنگ و ارشاد اسلامي و دو نفر دانشجو به انتخاب جهاد دانشگاهي را به تركيب ستاد اضافه نمودند.
با بازگشايي دانشگاه‌ها و توسعه مراكز آموزشي و گستردگي فعاليت ستاد انقلاب فرهنگي ضرورت تقويت اين نهاد بيش از پيش احساس شد، به‌طوري حضرت امام (ره) در آذر 1363 براي دومين بار ستاد انقلاب فرهنگي را ترميم كردند و به اين ترتيب شوراي عالي انقلاب فرهنگي با تركيبي جديد تشكيل شد. در بخشي از اين فرمان آمده است:
«خروج از فرهنگ بدآموز غربي و نفوذ و جايگزين شدن فرهنگ آموزنده اسلامي، ملي و انقلاب فرهنگي در تمام زمينه‌ها در سطح كشور آن چنان محتاج تلاش و كوشش است كه براي تحقق آن ساليان دراز بايد زحمت كشيد و با نفوذ عميق ريشه‌دار غرب مبارزه كرد. اينك با تشكر از زحمات ستاد انقلاب فرهنگي براي هر چه بارورتر شدن انقلاب در سطح كشور، تقويت اين نهاد را لازم ديدم بدين جهت علاوه بر كليه افراد ستاد انقلاب فرهنگي و رؤساي محترم سه قوه، حجج اسلام آقاي خامنه‌اي، آقاي اردبيلي و آقاي رفسنجاني و همچنين جناب حجت‌الاسلام آقاي مهدوي كني و آقايان سيدكاظم اكرمي وزير آموزش و پرورش و رضا داوري و نصرالله پورجوادي و محمدرضا هاشمي را به آنان اضافه نمودم.»
سومين دوره شوراي عالي انقلاب فرهنگي به سال 1375 برمي‌گردد. رهبر معظم انقلاب اسلامي حضرت آيت الله خامنه‌اي (مدظله‌العالي) در تاريخ 14/9/75 با صدور پيامي ضمن تعيين تركيب جديد اعضاي شوراي عالي بر اهميت جايگاه و وظايف خطير آن نيز تأكيد نمودند، در اين پيام آمده است:
«شوراي عالي انقلاب فرهنگي كه با تدبير حكيمانه امام راحل عظيم‌الشأن به جاي ستاد انقلاب فرهنگي پديد آمد، نقش فعال و مؤثري را در عرصه‌هاي امور فرهنگي كشور به‌خصوص دانشگاه‌ها ايفا كرد و بركات زيادي از خود به‌جاي گذارد. اكنون با پيشرفت كشور در كار سازندگي و گسترش دامنه نياز به دانش و تخصص و لزوم فراگيري علوم و فنون و پرورش محققان و نوآوران و استادان و متخصصان كارآمد، اهميت اين بخش از مسائل فرهنگي تأكيد مضاعف يافته است. توسعه دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها و ديگر مراكز آموزش و آموزش عالي كه پاسخ طبيعي به آن نياز است و افزايش چشمگير كميت دانشجويي، به‌نوبه خود تكاليف تازه‌يي را بر عهده مسئولان امور فرهنگي كشور مي‌گذارد كه برتر از همه آنها اولاً كيفيت بخشيدن به مايه‌هاي علم و تحقيق در اين مراكز و ثانياً پرداختن به تربيت معنوي دانشجويان و هدايت فكر و عمل آنان است.»
در بخشي ديگر از اين پيام، ضمن اشاره به هجوم فرهنگي همه‌جانبه دشمنان به ارزش‌هاي اسلامي و فرهنگ اصيل ملي و باورهاي مردم آمده است:
همه اين حقايق مهم و هشدار دهنده، مسئولان فرهنگي كشور را به تدبيري برتر و اهتمامي بيشتر و تلاشي گسترده‌تر فرا مي‌خواند و به ويژه شوراي عالي انقلاب فرهنگي را كه در جهاد ملي با بي‌سوادي و عقب‌ماندگي علمي و تبعيت فرهنگي، در حكم ستاد مركزي و اصلي است، به تحرك و نوآوري و همت‌گماري برمي‌انگيزد.