زندگي امام باقرعليه السلام مصادف با دوران پر تلاطم زوال بني اميه بوده است، اما به دليل شرايط خاص آن زمان ايشان از نظر سياسي در انزوا بودند و اعتراض هاي او، با اين كه در اين راه تا سر حد شهادت حركت كرد، به صورت يك نهضت سياسي همه جانبه براي سرنگوني رژيم بني اميه نيانجاميد.

او دريافته بود فرهنگ تشيع در انزوا قرار دارد؛ از اين رو لازم بود به يك انقلاب وسيع فرهنگي دست بزند و با تشكيل حوزه علميه و تربيت شاگردان برجسته، فقه آل محمد ـ صلي الله عليه وآله ـ و خط فكري تشيع را آشكار كند.

بر همين اساس امام باقرعليه السلام زمينه سازي بسيار عميق و خوبي در اين راستا نمود و پس از ايشان، فرزند برومندش امام صادق ـ عليه السلام ـ با تشكيل حوزه علميه با چهار هزار نفر شاگرد، آن را به ثمر رسانيد و يك دانشگاه عظيم اسلامي در تاريخ اسلام آشكار و ماندگار شد.

بنابراين، مي توان گفت؛ امام باقر ـ عليه السلام ـ مؤسس و بنيانگذار حوزه علميه شيعه و نهضت فرهنگي انقلاب فرهنگي تشيع بود.