آیت اللّه دستغیب پس از یک عمر خدمت به اسلام و مسلمین به آرزوی همیشگی خود، یعنی فیض شهادت، نائل آمد. وی در ساعت 25:11 روزجمعه 20 آذرماه 1360، در حالی که برای برگزاری نمازجمعه عازم مصلی بود در بین راه به دست منافقی کوردل به شهادت رسید. پس از تشییع باشکوهی پیکر مطهرش در آرامگاه خاندان دستغیب در جنب مرقد مطهر سیدمیراحمد به خاک سپرده شد. بدین ترتیب این عالم پرهیزگار همانند جدّ بزرگوارش حضرت اباعبداللّه الحسین علیه السلام ، پس از آن که بر اثر عداوت منافقان بدنش قطعه قطعه شده بود با چهره و بدنی تکه تکه شده به دیدار محبوب خود شتافت. روحش شاد و راهش پررهرو باد.

پیام حضرت امام خمینی رحمه الله در شهادت آیت اللّه دستغیب
حضرت امام خمینی رحمه الله رهبر کبیر انقلاب در پیامی، شهادت آیت اللّه دستغیبی را چنین تسلیت گفتند:«شهادت برای فرزندان اسلام و ذریّه پیامبر عظیم الشأن صلی الله علیه و آله وسلم و اولاد فاطمه علیهاالسلام و یادگاران حسین علیه السلام در راه هدف و اسلام عزیز و قرآن کریم چیزی غیر عادی و پدیده ای غیر معهود نیست …

دستغیب را که معلم اخلاق و مهذّب نفوس و متعهد به اسلام و جمهوری اسلامی بود، با جمعی از همراهانش به شهادت رساندند و خدمت خود را به ابرقدرت و ابر جنایت کار زمان ایفا کردند، به گمان آن که به ملّت رزمنده ایران آسیب رسانند و آنان را در راه هدف به سستی بکشانند. این کوردلان نمی بینند که در هر شهادتی و در هر جنایتی ملّتِ متعهد به اسلام و کشور، مصمم تر و در صحنه حاضرترند؟ … این جانب این ضایعه بزرگ و فاجعه اسفناک را بر حضرت مهدی، ارواحنا له الفدا، و ملت شجاع ایران و اهالی معظم استان فارس و خانواده آن شهید تسلیت می گویم».

قسمتی از پیام مقام معظم رهبری در شهادت شهید دستغیب
این حادثه خونین برای آن مجاهد خستگی ناپذیر، مایه اجر و افتخار است و برای دست های پلید و جنایت کاری که این خون پاک را بر روی زمین ریختند، موجب روسیاهی و رسوایی و ننگ ابدی است. او از نخستین کسانی بود که در سخت ترین شرایط نام امام امّت را بر زبان جاری ساخت و با دستگاه ظلم وجور به مبارزه پرداخت. این چهره پارسا و پرهیزکار در بهترین بخش از عمر پربرکتش، بی اعتنا به زخارف دنیوی، همّت و نیروی خود را در راه استقرار حاکمیّت اللّه صرف کرد و به یاد خدا دلخوش بود … چهره معظم و دوست داشتنی این مرد خدا محبوب ترین چهره در میان مردم فارس و مورد احترام عمیق مردم در سراسر ایران بود. هفتاد سال زندگی همراه با طهارت و تقوا و سال ها صرف عمر در راه اسلام و انقلاب از این مرد بزرگوار چهره ای ساخته بود مورد علاقه و احترام مردم .