با هماهنگی و تلاش های مسئولان و طلاب مدرسه علمیه امام خمینی (ره) در ایام شیوع بیماری کرونا فعالیت های بسیاری در این مدرسه انجام شد که از مهم ترین آنها می توان به برگزاری مسابقه دلنوشته با موضوع تقدیر از مدافعان سلامت اشاره کرد که در آن طلاب وصف حال خود را از این ایام و همچنین حمایت خود را از مدافعان سلامت در دلنوشته هایشان اعلام کردند.

 برگزاری مسابقه نقاشی و کاریکاتور نیز با هدف روحیه دادن به کودکان و بهره مندی آنها از این ایام و استفاده از فرصت های ماندن در خانه انجام پذیرفت . از دیگر برنامه های مدرسه در ایام کرونایی دوخت 300 عدد ماسک در حرکتی جهادی و خودجوش توسط طلاب جهادی مدرسه بود که در این طرح ماسک ها برای بزرگسالان و کودکان فراهم گردید و در بسته های کمک معیشتی به خانواده های نیازمند قرار داداه شد .

آماده سازی پک های جهاد سلامت که شامل مواد شوینده، دستمال کاغذی، صابون ، ماسک  و… بود جهت توزیع بین خانواده های نیازمنداز برنامه های جهادی در این ایام بود . آماده سازی تراکت های حاوی پیام های تبریک سال نو، جملات امید بخش و روحیه دهنده به مردم با استفاده از آیات قرآن و نصب آنها بر روی بسته های ارسالی به نیازمندان نیز برنامه ای بود که در این ایام اجرا گردید و نیز همکاری طلاب مدرسه با بسیج طلاب سماه پاسداران برای دوخت ماسک و نیز دلجویی از سهدخانواده که عزیزانشون رو به سبب بیماری کرونا از دست دادن و همچنین احوالپرسی از بیماران به صورت مجازی و نیز پاسخگویی به سوالات شرعی پیرامون این شرایط اعم از نجاست الکل.حکم سفرو… از دیگر برنامه های برکزار شده در این ایام بود و یکی از ابتدایی ترین کارها صد عفونی فضای اداری حوزه بود که به محض اعلام وزارت بهداشت صورت پذیرفت.