مقام علمی حضرت باقر علیه السلام آن قدر عظیم و بلند مرتبه است که خیلی از مخالفان او نیز به این امر اعتراف و اقرار دارند و دانشمندان فراوانی نیز به این امر اعتراف کرده اند که به نمونه هایی اشاره می شود:

1. ابن حجر هیثمی می گوید: «محمد باقر علیه السلام به اندازه ای گنجهای پنهان معارف و دانشها را آشکار ساخته، حقایق و حکمتها و لطایف دانشها را بیان کرده که جز بر عناصر بی بصیرت یا بد سیرت پوشیده نیست و از همین جا است که وی را شکافنده و جامع علوم و برافرازنده پرچم دانش خوانده اند.»

2. ابرش کلبی به هشام با اشاره به امام باقر علیه السلام گفت: «اِنَّ هَذا اَعْلَمُ اَهْلِ الْاَرْضِ بِما فِی السَّماءِ وَالْاَرْضِ فَهَذا وَلَدُ رَسُولُ اللّه ِ صلی الله علیه و آله ؛ به راستی این مرد (محمد باقر علیه السلام ) داناترین مرد روی زمین است نسبت به آنچه در آسمانها و زمین می باشد. این فرزند رسول خدا صلی الله علیه و آله است.»

3. عبداللّه بن عطاء مکی می گوید: من هرگز دانشمندان [اسلامی] را نزد هیچ کس به اندازه مجلس محمد بن علی علیهماالسلام ، [از نظر علمی] حقیر و کوچک ندیدم. من «حکم بن عتیبه» را که در علم و فقه مشهور آفاق بود، دیدم که در خدمت امام باقر علیه السلام مانند کودکی در برابر استادش [زانوی ادب بر زمین زده، شیفته او گردیده] بود.

و خود حکم بن عتیبه درباره قول خداوند که می فرماید: «اِنَّ فی ذلِکَ لَآیاتٍ لِلْمُتَوَسِّمینَ» می گوید: «وَاللّه ِ مُحَمَّدُ بْنُ عَلِّیٍ مِنْهُمْ؛ به خدا سوگند! محمد بن علی (امام باقر علیه السلام ) جزء آنهاست.»

4. هشام بن عبدالملک با آنکه از دشمنان سرسخت حضرت بود، خطاب به آن حضرت گفت: ((لا تَزالُ الْعَرَبُ وَ الْعَجَمُ یَسُودُها قُرَیْشٌ مادامَ فیهِمْ مِثْلُکَ؛ تا زمانی که مثل تو [در علم و مقام] وجود داشته باشد، قریش بر عرب و عجم آقایی می کند.))

5. قتادة بن دعامه بصری، یکی از علمای عامه، خطاب به آن حضرت چنین گفت: «من در محضر فقها و در محضر ابن عباس زیاد نشسته ام؛ ولی هیچ جا قلبم مضطرب نشد، جز زمانی که در محضر شما نشستم.»

6. شمس الدین محمد بن طولون می گوید: ابو جعفر محمد بن زین العابدین …، ملقب به باقر علیه السلام … عالم و آقا و بزرگوار بود. او را باقر نامیده اند، چون در علم توسعه ایجاد کرد.»

7. محمد بن طلحه شافعی می گوید: «او باقر العلم و شکافنده علوم است و جامع و نشر دهنده و بلند کننده پرچم آن است.»

8. ابن ابی الحدید می گوید: «کانَ مُحَمَّدُ بْنُ عَلِیٍّ … سَیِّدُ فُقَهاءِ الْحِجازِ وَ مِنْ اِبْنِهِ جَعْفَرٍ تَعَلَّمَ النّاسُ الْفِقْهَ؛ محمد بن علی علیهماالسلام آقای فقهای حجاز بود، و از او و فرزندش، مردم علم فقه را آموختند.»

9. احمد بن یوسف دمشقی می گوید: «منبع فضائل و افتخارات، امام محمد بن علی باقر علیه السلام است. او را باقر نامیده اند، چون علم را می شکافد و گفته شده این لقب از کلام رسول خدا صلی الله علیه و آله گرفته شده که جابر بن عبداللّه انصاری می گوید: پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله فرمود: در آینده، فرزندی از فرزندان حسنم را می بینی که همنام من است و علم را می شکافد، شکافتنی. هر گاه او را دیدی، سلام مرا به او برسان!»

10. ابن خلکان می گوید: ابو جعفر محمد بن علی… یکی از امامان دوازده گانه است و «کانَ الْباقِرُ عالِما سَیِّدا کَبیرا؛ امام باقر علیه السلام دانشمند و سرور و بزرگوار بوده است.»