به علت شدت اختناق و فشار وارده از سوی رژیم استبداد، شاگردان دلسوخته امام خمینی (ره) از جمله شهید قدوسی تصمیم گرفتند کیفیت مبارزه را متناسب با وضع پراختناق تغییر دهند. این امر مقدمه تشکیل یک گروه سازمان یافته و مخفی از مدرسین و اساتید حوزه شد. این تشکیلات مخفی به بهانه بررسی و اصلاح امور حوزه برگزار می‌شد ولیکن به طراحی مبارزه با رژیم شاه می‌پرداخت. شهید قدوسی از موسسین این تشکل بود از دیگر فعالان این تشکیلات می‌توان به شخصیتی  همچون رهبر معظم انقلاب حضرت آیت الله خامنه‌ای اشاره کرد.

در حدود سال ۱۳۴۴ این جمعیت توسط ساواک شناسایی و تمام روحانیونی که در آن بودند از جمله شهید قدوسی دستگیر و زندانی شدند. یکی از فصول درخشان شهید قدوسی تاسیس مدرسه حقانی بود که با همیاری جمعی از اساتید، همچون آیت الله جنتی، آیت الله مصباح و شهید آیت الله دکتر بهشتی انجام گرفت. تاسیس این مدرسه نه تنها یک حرکت صرفا فرهنگی، علمی و تربیتی نبود بلکه همان طور که بعد‌ها معلوم شد یک حرکت سیاسی دقیق و حساب شده‌ای بود که بعد از قیام ۱۵ خرداد و تبعید امام به وقوع پیوست. 

شهید قدوسی بدون غرور و با تواضع به دنبال اساتید می‌رفت و گاهی برای راضی کردن یک استاد، ده بار به وی رجوع می‌کرد. حرکت مدرسه حقانی باعث شد شماری از طلاب و فضلای عالم، متقی و آگاه به زمان تربیت شده و سرمایه‌ای عظیم برای انقلاب اسلامی تبدیل شوند.