آقا سید علی قاضی دستوراتی عجیب و بسیار قابل تامل می دادند
از جمله دستورالعمل هایی که ایشان به شاگردان خود دستور می دادند این دعا را در قنوت نمازهایشان بخوانند:
اللَّهُمَّ ارْزُقْنِي‏ حُبَّك‏ وَ حُبَّ ما تُحِبُّه‏ وَ حُبَّ مَن‏ یُحِبُّکَ وَ العَمَلَ َ الَّذِي ْ يُبَلِّغُنِي اِلحُبِّکَ وَ اجْعَل‏ حُبَّك اَحَبَّ الاَشیاءِ اِلیَّ
خداوندا محبت خود را و محبت کسانی را که دوست داری و محبت کسی که تو را دوست دارد و عملی که مرا بسوی محبتت برساند را ؛ روزی ما بفرما و محبت خود را محبوب ترین چیزها نزد ما قرار بده