در دین اسلام و به تبع آن معجزه جاوید پیامبر ختمی مرتبت که درود خداوند بر او و خاندان پاکش باد، اصالت هر آنچه مهم خوانده شده است، بر مبنای پژوهش استوار شده است. هنگامه تولد دین مبین اسلام در غار حرا آنچه خداوند به رسولش امر فرمود، خواندن بود. جبرئیل، فرشته وحی از طرف خداوند بر پیامبر صلی الله علیه و آله نازل شد و پس از بسم الله که شروع هر چیزی است فرمود اقرء. یعنی بخوان و خوانش مبنا و اساس هر پژوهشی است.

اساساً در قرآن کریم حتی پذیرش دین بدون تحقیق و پژوهش مورد قبول خداوند نیست. در قرآن کسانی را که دینی را پذیرفته اند صرفا به علت اینکه دین پدران و اجداد ایشان بوده است به شدت مورد سرزنش قرار می دهد و آنان را کورانی می داند که از دیدن واقعیت عاجز هستند و دعوت آنان به سوی حق و حقیقت را همچون بانگ بر چهارپایان می داند. (سوره مبارکه بقره آیات شریفه ۱۷۰ و ۱۷۱.)

از طرفی قرآن میان آنکه بهره ای از علم و دانش دارد و آنکه از دانش و علم بی بهره است تفاوت قائل است (سوره مبارکه زمر آیه شریفه ۹.) البته در همین آیه نشانه علم را دو چیز می داند؛ یکی عبودیت است و دومی پند پذیری؛ به عبارتی علم و عبودیت خداوند می بایست با هم باشند و گرنه این علم از منظر اسلام چندان دارای ارزش نیست و البته پندپذیری که خود از صفات انسان متواضع است نیز می بایست در فرد دارای علم هویدا باشد. (تفسیر نور؛ ذیل آیه ۹ سوره مبارکه زمر.)

دلیل دیگری که در قرآن کریم آن را دلیل بر ضرورت پژوهش معرفی می نماید، نیاز به پرهیز از ظن و گمان است. در آیه شریفه ۳۶ سوره مبارکه اسرا آمده است :«و لا تقف ما لیس لک به علم ان السمع و البصر و الفواد کل اولئک کان عنه مسئولا» یعنی از چیزی که به آن علم نداری [بلکه برگرفته از شنیده ها، ساده نگری ها، خیالات و اوهام است] پیروی مکن؛ زیرا گوش و چشم و دل [ که ابزار شناخت علم واقعی اند] مورد بازخواست اند.( ترجمه بر اساس ترجمان شیخ حسین انصاریان)

البته پژوهش در دین اسلام همانند تمامی موضوعاتی که دین بدان توجه نموده است، اسلوب و شیوه خاص خود را دارد. در قرآن اولین عنصر در پژوهش تفکر است. بارها و بارها در قرآن کریم بشر چه صراحتا و چه به صورت غیر مستقیم به تفکر دعوت شده است. برای مثال آیه ۱۹۰ و ۱۹۱ سوره مبارکه آل عمران را ببینید:« ان فی خلق السموات والارض واختلاف اللیل و النهار لایات لاولی الالباب الذین یذکرون* الله قیاما و قعودا و علی جنوبهم و یتفکرون فی خلق السموات والارض ربنا ما خلقت هذا باطلا سبحانک فقنا عذاب النار» ( سوره مبارکه آل عمران آیات شریفه ۱۹۰ و ۱۹۱)معنای آیه اینچنین است:« یقینا در آفرینش آسمان ها و زمین، و آمد و رفت شب و روز، نشانه هایی [بر توحید، ربوبیت و قدرت خدا] برای خردمندان است * آنان که همواره خدا را ایستاده و نشسته و به پهلو آرمیده یاد می کنند و پیوسته در آفرینش آسمان ها و زمین می اندیشند [و از عمق قلب همراه با زبان می گویند] پروردگارا! این [ جهان با عظمت] را بیهوده نیافریده ای ، تو از هر عیب و نقصی منزه و پاکی، پس ما را از عذاب آتش نگاه دار» در روایات نقل شده است که پیامبر صلی الله علیه و آله پس از نزول این آیات و دو آیه بعدی آن از طرف خداوند آنقدر شب را گریه نموده اند تا اینکه جلوی لباس ایشان و سجده گاه ایشان همگی مرطوب شده بود و زمانی که بلال حبشی علت را جویا می شود حضرت آیات ۱۹۰ تا ۱۹۴ سوره مبارکه آل عمران را قرائت می نمایند و می فرمایند وای بر کسی که این آیات را بخواند و فکر نکند.

نکته حائز اهمیت در این آیات این است که مهمترین تفکر در این آیات فکر کردن در مورد آفرینش است. دقت در راز و رمز آن، ظرافت آن و در نهایت خالق آن و در نهایت تأکید می نماید که تفکر در آفرینش موجب رستگاری همه نمی گردد بلکه نتیجه گیری در تفکر در مورد آفرینش نیازمند خردمندی است و تا خردمندی در انسان نهادینه نگردد، این تدبر و تفکر نیز منجر به نتیجه ای شگرف نمی گردد.

آیات قرآن مملو از تشویق انسان به تدبر و تفکر است و آیات بسیاری که به سوالات مومنان بسیار اهمیت داده شده است. در بیش از هزار و پانصد آیه، از موضوعاتی مانند علم، معرفت، تعقل، تذکّر، وتدبّر سخن به میان آمده است، حال اینکه کلّ آیات قرآن حدود ۶۴۰۰ آیه است .