پس از آنکه مشرکان مکه، برای قتل رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) نقشه کشیدند، جبرئیل خبر این توطئه را به ایشان داد. در شب موعود چهل نفر از قریشیان، خانه حضرت را به محاصره درآوردند به گونه ای که محل خواب حضرت، در دید آنان قرار داشت.رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) به حضرت علی (علیه السلام) گفت تا به جای او بخوابد و از همان برد یمانی سبز رنگی که رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) روی خود می کشید، استفاده کند. پس از آن رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) با عنایت خداوند از خانه خارج شده و به جنوب شهر مکه یعنی مسیری کاملاً برعکس مسیر یثرب رفت.

رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) هنگامی که صبح شد، و مشرکان برای اجرای نقشه خود آماده شدند، حضرت علی (علیه السلام) از جای خود برخاست و مشرکان فهمیدند که رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) از دسترس آنان خارج شده است، به تکاپو افتاده و به دنبال ایشان گشتند، و توسط یک راهنما تا پای کوه ثور که رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) به همراه ابوبکر در آنجا پنهان شده بودند، آمدند، و مشاهده تارهای عنکبوبت بر در غار به داخل غار نرفتند.قریش برای کسی که رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) را بیابد و به دست انان بسپارد صد شتر جایزه تعیین کرده بود.

رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) و ابوبکر سه روز در غار پنهان شدند تا مشرکین از جستجوی ایشان خسته شدند و سپس با تهیه زاد و توشه و استخدام یک راهنما عازم مدینه شدند. رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) فاصله مکه تا مدینه را از راهی غیر معمول طی کردند و پس از پانزده روز وارد دهکده قبا در فاصله شش کیلومتری مدینه شدند. رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) در قبا منتظر رسیدن یار و پسر عم خود حضرت علی (عیله السلام) شدند که بعد از هجرت رسول خدا (صلی الله علیه آله و سلم) به همراه کاروانی که شامل زنان و دختران پیامبر (صلی الله علیه آله و سلم) و بنی هاشم می شد، از جمله - حضرت زهرا (سلام الله علیها) و فاطمه بنت اسد - و سایر کسانی که هنوز موفق به هجرت نشده بودند، به سمت مدینه در حرکت بود.

امام علی (علیه السلام) در مکه وظیفه پس دادن امانت هایی که مردم مکه نزد پیامبر (صلی الله علیه آله و سلم) داشتند، را داشت و پس از انجام این کار راهی مدینه شد.پیامبر (صلی الله علیه آله و سلم) در این مدت که در قبا بودند، اقدام به ساختن مسجد قبا کردند و پس از رسیدن کاروان حضرت علی (علیه السلام)، به همراه ایشان راهی مدینه شدند.